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Os Planos de Regularização ambiental deverão ser implantados no âmbito de cada estado e traçarão objetivos e obrigações para que as propriedades rurais se adequem à legislação ambiental (podem, por exemplo, obrigar os proprietários rurais a zerar o seu passivo ambiental, reflorestando áreas desmatadas). Caso os planos não sejam implantados no prazo de cinco anos, a propriedade deverá se adequar observando os critérios e limites estabelecidos diretamente pela legislação federal. O projeto do novo Código Florestal também dispensa as propriedades com até quatro módulos rurais da constituição de reserva legal. Essas propriedades não precisarão averbar área de reserva legal e nem recompor a vegetação já desmatada, de modo a atingir o percentual mínimo de preservação previsto em lei (80% da propriedade na Amazônia, 35% no cerrado e 20% nas demais regiões). O novo texto deixa claro, porém, que não serão permitidos novos desmatamentos.

Outra "regra de transição" prevista no projeto diz respeito à moratória para as multas e sanções aplicadas a áreas consolidadas até 22 de julho de 2008. Essas multas ficarão suspensas até que os Planos de Regularização Ambiental definam como deve ocorrer a regularização das propriedades. O projeto não anistia crimes ambientais: apenas prevê a substituição das sanções pela obrigação de regularizar a propriedade de acordo com o estabelecido no plano de regularização ambiental competente. O produtor que descumprir essas obrigações deverá se submeter às sanções anteriormente impostas.

Em julho, a Comissão se reúne novamente para discutir o relatório e o Projeto de Lei nº 1876/99 (e apensados), que pode ser votado em breve. Segundo o deputado federal Homero Pereira (PR-MT), existe maioria na Câmara dos Deputados para a aprovação. O deputado também salientou que a comissão está empreendendo esforços para que a votação não seja protelada, já que a intenção é que o novo Código Florestal seja aprovado ainda este ano.
Atualmente, o desmatamento é permitido para áreas localizadas fora da reserva legal e das áreas de preservação permanente. Existem leis e decretos federais e estaduais, entretanto, que proíbem o desmatamento de áreas específicas, como as áreas com incidência de espécies animais e vegetais raras, mesmo que elas não constituam áreas de reserva legal ou de preservação permanente. Por isso, os órgãos ambientais responsáveis devem analisar a possibilidade de corte de vegetação em cada caso. A infinidade de leis e decretos torna a legislação ambiental brasileira uma verdadeira "colcha de retalhos", de difícil compreensão para os produtores rurais e para os ambientalistas. Além disso, algumas das mudanças propostas no Código Florestal, como a moratória do desmatamento e os planos de regularização ambiental, deixam o produtor rural numa situação no mínimo incômoda.

Como o Novo Código Florestal dará maior autonomia para os estados, que poderão inclusive aumentar o tamanho mínimo da reserva legal, não é impossível que a seguinte situação ocorra: um produtor pode promover um desmatamento legal e autorizado hoje e, no futuro, ser obrigado pelo plano de regularização ambiental a reflorestar parte dessa mesma área.